Основными лечебными факторами Санаторно-курортного комплекса «Эльтон» являются лечебные иловые сильносульфидные соленасыщенные бромные грязи с очень высоким содержанием сульфидов железа, бишофита и бромной кислоты; рапа — бромный крепкий рассол хлоридного магниево-натриевого состава; минеральная питьевая лечебно-столовая вода Сморогдинского источника, среднеминерализованная (7,5−8,5 г/л) сульфатно-хлоридного натриевого состава; климат умеренно континентальный, с очень теплым летом и умеренно мягкой зимой; высокая степень ионизации воздуха. При проведении грязевого лечения применяется аппликационный метод лечения. Лечебные ванны и грязевые аппликации отпускаются в индивидуальных кабинах. В лечении используются только свежая грязь однократного применения.
Иловая минеральная грязь и рапа озера Эльтон по своим лечебным свойствам не уступают грязям Мертвого моря.